Город Перейра расположен в самом центре страны в долине реки Отун. Долина принадлежит Восточной Кордельере колумбийских Анд.

С доколумбовых времен эти земли были населены индейскими племенами Кимбайа и Пихао. Обе эти культуры широко известны своим мастерством в изготовлении изделий из золота. На месте сегодняшнего города Перейра, конкистадор Хорхе Робледо 9 августа 1540 г. основал город под названием Картаго. Однако он не просуществовал долго. В 1691 г. город был покинут, и его жители переселились на север сегодняшнего департамента Валье-дель-Каука, где основали новый город, но дали ему прежнее название - Картаго.

Спустя некоторое время миссионерская католическая экспедиция, возглавляемая Ремихио Антонио Карньяте и Хесусом Мария Ормаса, все же, решают вернуться на прежнее место и 30 августа 1863 года вновь основывают город и дают ему название Картаго Вьехо (Старый Картаго).

Во времена освободительной борьбы Новой Гранады от испанской зависимости под предводительством Симона Боливара город был переименован в Вилья-Переира. Такое название он получил в честь братьев Франсиско и Мануэля Перейра Мартинес, которые сражались на стороне патриотов. В битве при Качири в 1816 году Франсиско Перейра был тяжело ранен и умер на этих землях.

Перейра входит в состав одной их трех столиц зоны «Кофейная ось», в которую так же входят города Армения и Манисалес. Весь регион традиционно считается самым богатым и благополучным в стране. Хотя там и не существует крупных промышленных или коммерческих предприятий, как в других районах страны - уровень жизни населения достаточно высок. Этот факт объясняется наличием развитой кофейной промышленности в этом регионе, которая является основой его экономики и важной статьей в экономике страны.