Сами того не желая, либералы способствовали подрыву своего положения, выдвинув на президентский пост Рафаэля Венсеслао Нуньеса Моледо, талантливого адвоката и поэта, повидавшего свет. В начале своей политической карьеры он был известен как радикальный либерал, однако постепенно его взгляды становились все более умеренными: не исключено, что такое изменение ориентации явилось результатом его наблюдений за тенденциями общественного развития в Европе после революций 1848. Нуньес предпринял попытку объединить страну, осуществляя программу эра обновления нации , и принял участие в разработке новой конституции (совместно с видным консерватором Мигелем Антонио Каро). Принятая в 1886 конституция (действовавшая до 1991) заменила прежнюю федеративную систему государственного устройства централизованным правительством; штаты были преобразованы в департаменты, управляемые губернаторами, которых назначал президент; церкви было возвращено ее прежнее привилегированное положение, и правительство лишалось контроля над ней. Католичество объявлялось государственной религией, при этом гарантировалась свобода вероисповедания. Правительство получало широкие полномочия в экономических вопросах, а политические свободы ограничивались. Нуньес умер в 1894, а через пять лет либералы восстали против правительства обновления , где главенствовали консерваторы. Вспыхнула гражданская война, вошедшая в историю под названием Тысячедневная война . Она продолжалась с 1899 по 1902 и закончилась победой консерваторов. Во время войны погибло ок. 100 тыс. человек, стране был нанесен огромный материальный ущерб. В 1903 Панама, бывшая провинция Колумбии, провозгласила независимость. 3 ноября 1903, после того как Национальный конгресс Колумбии отказался ратифицировать договор, подписанный в Вашингтоне государственным секретарем США Дж.Хеем и поверенным в делах Колумбии в США Т.Эрраном (т.н. договор Хея - Эррана), предоставлявший США право на строительство канала через Панамский перешеек, в провинции Панама произошло восстание сепаратистов. Оно направлялось группой лиц, имевших финансовые интересы в проекте постройки канала и уверенных в том, что получат поддержку Соединенных Штатов. США помешали колумбийским вооруженным силам подавить восстание, признали независимость Панамы и заключили с панамским правительством договор о постройке канала. Колумбийское правительство не могло примириться с потерей Панамы, и отношения между Колумбией и США оставались натянутыми долгое время, пока, наконец, в 1921 Соединенные Штаты не выплатили Колумбии крупную сумму денег в виде репарации