До недавних пор считалось, что на раннем этапе формирования американской культуры первые ее проявления должны были появиться либо на территории Месоамерики (современная Центральная Америка – там зародились цивилизации Майя, Ольмека, Тольтека и др., а они, в свою очередь, стали основой для зарождения народа Ацтеков), либо в Южной Америке, когда примерно в то же время там возникли народы Чавин, Парака, Назка и др., приведшие к образованию культуры Инков. Оба эти процесса происходили между 500 годом до н.э. и первым тысячелетием христианской эры. Однако сегодня известно, что первые интенсивные обработки почвы, связанные с осёдлыми образом жизни , начались в районе амазонских джунглей и оттуда, примерно в 4.000 г. до н.э., стали распространяться к морским побережьям. На территории современного Эквадора были найдены следы древних (более 3000 лет) крупных (более 1000 жителей) поселений, которые уже в те далёкие времена проводили методическую обработку земли. Возраст этих находок гораздо внушительнее найденных следов цивилизации в Мексике или на равнинах Анд.

На колумбийском побережье Атлантического океана (Монсу и Пуэрто-Ормига) также были найдены следы, относящиеся к племенам, занимавшимся рыболовством примерно в четвертом тысячелетии до нашей эры. При раскопках, проведенных в Пуэрто-Ормига, было обнаружено большое количество предметов из камня и раковин, пепелищ, керамических и костяных изделий, аналогичных найденным в Валдивии (Эквадор). Первоначально существовало убеждение, что найденные предметы были работой японских древних мастеров. Позже выяснилось, что все они имеют южноамериканское происхождение..

Археологические исследования подтверждают последовательность возникновения поселений в Колумбии: сначала заселялось побережье Карибского моря (Канапоте, Карловенто), потом русло реки Магдалена (Маламбо, 1.200 г.до н.э.), а затем наиболее развитые племена кочевников начали продвигаться вглубь страны. В местечке Момил и в других регионах Колумбии были найдены образцы керамики, схожие с месоамериканскими образцами.Такое же сходство наблюдается в более примитивных культурах тихого океана (Тумако, Рио Мира), что предполагает возможную миграцию туда части народов Майя.

Вообще же следы самых древних поселений Палео-индейцев на территории нынешней Колумбии (10.450 л.до н.э.) найдены в долине Эль-Абра, находящейся недалеко от современной столицы республики - города Богота, на месте существовавшего там 30 тыс. лет назад горного озера.

При других раскопках (Тибито и Текендама, от 6.000 до 11.700 лет давности) обнаружены многочисленные останки фауны Южной Америки эры pleistoceno, а также останки человеческих захоронений.

Ещё более древние, чем Южноамериканские находки в Эль-Абра, найдены на территории Северной Америки. Учёные предполагают, что заселение континента началось именно с этой его части и длилось не менее 35.000 лет.. Первые древние поселенцы, переправившись через Берингов пролив, ступили на берег Америки.

К концу последнего тысячелетия до н.э., с появлением вождей и иерархической структуризации власти, племенной уклад жизни Америки стал преобразовываться. Тогда же начинается этап освоения и заселения больших территорий Южной Америки, в том числе горных цепей (Кордильеры). Получает дальнейшее развитие земледелие – большую популярность получает выращивание кукурузы. Возникают селения с определенной инфраструктурой, развивается торговля методом натурального обмена, всё больше находят практическое применение некоторые исследования в области науки - математики и астрономии. В этом динамическом процессе можно особо выделить племенную группу Пансенуи, жившую в устьях рек Сину и Сан Хорхе и овладевшую методами дренажа и сезонного посева. К этой культуре можно также причислить возникшие поселения в Сан Агустине и в Тьеррадентро. К сожалению, эти цивилизации просуществовали недолго.

В первом тысячелетии н.э. начинается формирование двух различных племён на территории нынешней Колумбии – племени Муисков в андийской части страны и племени Тайронов на севере страны у горного массива Сьерра Невада де Санта Марта. Начинают возникать федерации селений . Каждое из этих образований является частью одного народа Чибчас.

К моменту начала завоевания Южной Америки Испанией («конкиста»), кроме двух последних названных племён существовала ещё дюжина других мелких групп (самым значительным из которых была племя Карибы).

Воинственные Карибы, были хорошими кораблестроителями и мореплавателями, что делало их достаточно мобильными во время военных походов против других племён. Но помимо освоения военных навыков и частых набегов на другие племена, карибы успешно торговали с восточными Таино, жившими на Виргинских островах и Пуэрто-Рико.

Интересен тот факт, что у карибов существовало 2 языка, мужской и женский. Вероятно, они появились тогда, когда карибы (мужчины) смешивались с араваками (женщинами), такое разделение языков поддерживалось и среди детей.

Карибы были практически полностью истреблены в процессе завоевания. Им приписывается более отсталый уровень цивилизации, чем у племён Муиска и Тайрона, что, вероятно, справедливо по отношению к их социально-политическому развитию, но не по отношению к их культуре. Истреблению Карибов и многих других племён способствовало их отчаянное сопротивление порабощению (частично из-за этого конкистадоры начали завозить рабов из Африки), их малая концентрация и слабая политическая организованность в переговорах, их кочующий образ жизни и давняя межплеменная вражда - факторы, которые были умело использованы врагами. Ко всему этому добавляется этническое отсутствие иммунитета ко многим болезням, приносимым завоевателями. И в довершение всего - неоправданное обвинение Карибов в каннибализме, что практически узаконило уничтожение их, а заодно и других племен католической церковью.

Самым представительным, наиболее развитым индейским племенем, заселявшей когда-то территорию Колумбии, является племя Чибчас, заселявшее большую территорию Андийского региона.

Произведённые при раскопках исследования доказали высокий уровень развития этого племени. Чибчас жили в бессчетных уютных городах, соединенных меж собой каменными дорогами. Поклонялись разным богам, представляющих солнце, определенную реку, горную вершину или звезду, Луну . Но их успехи в добыче и обработке золота не могли не привлечь к себе внимание завоевателей . С приходом европейцев почти что все представители коренных племён были или истреблены захватчиками, или погибли от занесенных заболеваний.

Муиски населяли высокогорное плато Кундинамарка, примерно в 600 км к югу от г. Санта-Марты. Это была самая развитая цивилизация на всем пространстве между государствами Майя в Центральной Америке и Инков на территории Перу. Занимая относительно небольшую территорию (ок. 15,5 тыс. кв. км), они были трудолюбивыми земледельцами и искусными ремесленниками, создававшими ювелирные изделия из золота и сплава золота с медью; они также вели оживленную торговлю с другими народами, используя в качестве меновой единицы золотые пластинки. В религии Чибча центральное место занимало солнце как источник плодородия. В одном из обрядов, совершавшихся на священном озере Гуатавита, происходило омовение в озере вождя, предварительно осыпанного золотым порошком (именно этот обряд породил слухи о богатой золотом стране Эль-дорадо). Как и другие индейские племена, Чибча-Муиски приносили жертвы Богу-Солнцу (в отличие от ритуала ацтеков, в жертву приносились животные).

В это же время, на другой стороне региона начала усиленно формироваться другая племенная культура - культура Инков, распространявшаяся на территории современного Перу. Их экспансионизм к северу привел к завоеванию части территории современных Эквадора и Колумбии. Эти события происходили практически одновременно с прибытием на континент Христофора Колумба. Немного позже, в связи с распадом империи Инков из-за противостояния двух братьев Уаскара (правившего старыми землями) и Атауальпы (правившего завоеванными территориями) конкистадор Писарро умело воспользовался создавшейся ситуацией и с успехом вел свою кампанию против коренного населения, что коснулось также и юга Колумбии.

Результатом вышеописанных событий стал тот факт, что на сегодняшний день в Колумбии выжили всего несколько небольших концентраций индейских культур, и то лишь благодаря тому, что они были расположены на труднодоступных территориях для завоевателей - в Гуахире - крохотной пустыне на крайнем северном полуострове страны и на территориях Амазонии.