В 1858 была принята новая федералистская конституция, разрешавшая создание на месте провинций самоуправляющихся федеральных штатов. Страна стала называться Гранадская Конфедерация. Первой провинцией, которая воспользовалась предоставленной возможностью, стала Панама; через короткое время ее примеру последовало несколько других провинций. В 1863 была принята новая конституция, дававшая штатам еще большую автономию и закрепившая создание федеральной республики; название страны было изменено на Соединенные Штаты Колумбии, и таким образом на карте Латинской Америки вновь появилось название Колумбия, отсутствовавшее в течение трех десятилетий. Трудно реализуемые либеральные положения конституции привели в последующие годы к обострению отношений между президентом Москерой и конгрессом, которые в 1867 вылились в открытый конфликт, приведший к свержению и высылке президента. Несмотря на это, либералы продолжали играть ведущую роль на политической сцене до 1880. Большое значение в экономике страны в этот период приобретало производство кофе, который стал главной экспортной культурой. Когда-то ведущую роль в экспорте играло золото, но его добыча резко упала с началом Войны за независимость, хотя оно и оставалось наиболее ценной статьей экспорта. В последующие годы на первое место в экспорте выходили табак, хинин, индиго и хлопок, но постепенно их место стал занимать кофе. Развитие производства и экспорта кофе способствовало увеличению доходов как на местах, так и на федеральном уровне и вызвало миграцию населения в западные районы - Антьокию, Кальдас и Толиму, где находились основные кофейные плантации.