В 1988 году Араухо баллотировался на пост мэра родного города. В администрации президента Андреса Пастраны (1998—2002) занимал пост министра развития торговли.

В результате перестановок в правительстве Колумбии новым руководителем министерства иностранных дел стал 51-летний уроженец города Картахены Фернандо Араухо Пердомо. Он получил степень бакалавра в колледже «Ла-Салье», окончил инженерный факультет столичного университета «Хавериана». В 1988 году Араухо баллотировался на пост мэра родного города. В администрации президента Андреса Пастраны (1998—2002) занимал пост министра развития торговли. Кроме того, в разное время он являлся профессором университета имени Хорхе Тадео Лосано в Боготе и университета Картахены. Фернандо Араухо занимал также посты в частных и государственных инженерных компаниях, входил в совет управляющих газеты «Универсаль».

Жизнь его была драматичной. В декабре 2000 года Араухо был похищен левыми экстремистами из так называемых Революционных вооруженных сил Колумбии и в течение шести лет находился в плену у боевиков. Благодаря тому, что в районе, где его прятали, проводилась армейская операция. Пердомо 31 декабря 2006 года удалось бежать и через 6 дней выйти к людям.

Кандидатура Фернандо Араухо была предложена его предшественницей на министерском посту Марией Консуэло Араухо.

У Фернандо Араухо Пердомо три взрослых сына.