Развитие внутренней промышленности на территории Колмбии сдерживалось в течение всего колониального периода, поскольку поселенцы не считали нужным развивать свои колонии. Они являлись для испанцев источником сырья и потребителем привезенных из Испании товаров. На захваченных землях велась, в основном, добыча полезных ископаемых. При этом колонизаторами активно эксплуатировался дешёвый труд местного населения и африканских рабов. В результате такой нещадной эксплуатации колоний происходило быстрое обогащение испанской короны.

Испания, монополизировавшая торговлю с колониями, создала основные центры ее концентрации в Veracruz (в современной Мексике), Nombre de Dios (в современной Панаме), и Картахене (в Колумбии). Прямая торговля с другими колониями или провинциями была запрещена. В результате - товары из одной колонии нужно было отправлять в Испанию для транспортировки их в другую колонию. Корона также устанавливала маршруты переправки и число кораблей, которым было дозволено торговать с колониями. Фирмы - акцептанты, участвующие в межконтинентальной торговле, должны были быть собственностью испанских подданных. Наконец, корона ограничивала ассортимент товаров, которыми можно было бы торговать. Колония могла экспортировать в Испанию только драгоценные металлы, золото в частности, и некоторые сельскохозяйственные продукты. Испания экспортировала в колонии большое количество сельскохозяйственных и промышленных товаров, необходимых для выживания колонистов.

Сельское хозяйство, которое было ограничено в 1500-х гг. обеспечением прожиточного минимума для колониальных взаиморасчетов и прокорма рабочих-шахтёров, стало динамично развиваться в 1600-х гг. Постепенно с/х опередило в своем развитии горную промышленность (добычу руды) и к 1700-м гг. превратилось в ядро Колумбийской экономики. К концу 1700-х гг. сахар и табак стали важными статьями экспорта. Рост сельского хозяйства, отчасти, являлся результатом истощения минеральных ресурсов в известных в семнадцатом столетии месторождениях, которые к приходу колонизаторов уже находились в эксплуатации у коренного населения. Работы по нахождению новых месторождений Испания не финансировала. Что и заставило колонизаторов поменять свою экономическую стратегию и начать стимулировать развитие сельского хозяйства.

Поскольку коммерческое сельское хозяйство стало основой Колумбийской экономики, то появились две господствующие формы сельскохозяйственных землевладений - encomienda и hacienda. Эти землевладения различались, главным образом, способом, которым владельцы земель нанимали работников. Encomienda базировалась на получении определенной дани или платы с местных жителей. Нacienda функционировала посредством договора, заключаемого между собственником - hacendado - и наемными работниками. По договору работники обрабатывали землю в обмен на получение части урожая и права на временное жилье на данной земле.

Encomendero, или хозяин encomienda, получил со стороны короны широкие полномочия для деятельности на своих землях. В сущности, encomendero был представителем монархии и нес ответственность за моральное и религиозное состояние аборигенов (но не более), населявших его владения. Принимая во внимание тот факт, что земля и населявшие ее жители были полностью в распоряжении владельца, монархия держала encomiendas для управления людьми, соблюдения интересов Испании. Encomenderos, однако, стремились использовать аборигенов для собственного обогащения. Большинство encomenderos были скорее корыстными, чем преданными служителями монархии. Отдаленность encomiendas от центральной власти давала им возможность действовать, в основном, для достижения своих целей.

Под влиянием церковных священников, миссионеров и борцов за права коренных жителей, каким был, например, Bartolome de las Casas (1474 – 1566), корона провозгласила в 1542 году новые законы для администрации испанской империи в Америке. Разработанные для уменьшения злоупотреблений encomiendas и улучшения положения аборигенов законы предписывали строгое соблюдение прав коренного населения. Им был присвоен статус поданных империи. Суд мог назначить наказание в случае чрезмерно грубого обращения с аборигенами. Если аборигены принимали католическое вероисповедание, то им значительно уменьшался размер дани, которую они должны были отдавать землевладельцу. По новому законодательству encomiendas запрещалось участвовать в официальных организациях и быть чиновниками. Дополнительный пункт запретил encomenderos использовать аборигенов в работе на шахтах. Запрещалось не только увеличение числа encomiendas, но и требовалось их сокращение. И, наконец, новый закон лишил жен и детей encomiendas права наследовать этот титул.

Encomenderos противодействовали стремлению королевского правительства привести эти законы в действие. Решение было принято, согласно которому законы будут соблюдены, но не выполнены . Encomenderos отправили своих представителей в Испанию, чтобы изменить эти законы - что в конечном итоге и было сделано. Противоречия между королевской властью и колонистами в новой империи полностью никогда не были устранены.

К концу XVI столетия зародилась новая система землевладения hacienda, и связанная с ней древняя дань – mita. После 1590 г. Колонисты, выкупившие у Короны земли, получали на них документы о землевладении и сохраняли за собой право уже по закону использовать труд аборигенов на haciendas. Согласно аграрной реформе, в 1592 году корона создала resguardos - резервации для аборигенов, чтобы обеспечить их прожиточным минимумом. Таким образом, освободились земли, которые впоследствии продавались hacendados. Концентрация в частных руках больших площадей земель, приобретенных от короны привели позже к развитию latifundios.

Новые hacendados начали конфликтовать с encomenderos из-за рьяного стремления последних монополизировать труд аборигенов. После 1595 года испанские власти обязали жителей resguardo (резервации аборигенов) наниматься на работу на определенный, установленный срок к ближайшему землевладельцу. Mitayos (добровольно нанятых аборигенов) использовались так же и в качестве шахтеров, и в качестве матросов при навигации по реке Магдалена, и в качестве индустриальных рабочих на предприятиях. Хотя mitayos считались свободными людьми, потому что их труд их оплачивался - номинальная зарплата была очень низкой, собственники недвижимости и другие наниматели перегружали их до такой степени, что многие серьезно заболевали и умирали.

Поскольку mitayos не могли переносить таких условий труда, корона нашла дополнительный источник дешевого труда - африканских рабов. Корона продавала лицензию на завоз рабов частным лицам, которым требовалась рабочая сила. Рабы попадали на территорию Колумбии через порт Картахена. Хотя корона первоначально ограничила выдачу лицензий только испанским торговцам, в конечном счете, это открыло подчиненную торговлю иностранцам, поскольку спрос на дешёвую рабочую силу превышал предложение. Горнодобывающая промышленность стала первой отраслью, перешедшей на африканскую рабочую силу, которая к концу XVII века заменила mitayos. Эта отрасль полностью зависела от труда чернокожих рабов в течение всего XVIII века. Несмотря на спад горнодобывающей промышленности, рабский труд оставался, ключевой формой труда с середины XVII и до конца XVIII века.

С развитием сельского хозяйства возник дополнительный спрос на рабочую силу для работы на крупных кофейных, сахарных и других плантациях и ранчо (фермах). Более мелкие сегменты рынка так же использовали рабскую силу в качестве ремесленников, домашней обслуги и помощников в путешествиях.

Рабы не имели никаких законных прав в колониальной системе. Корона составляла законы таким образом, чтобы отделить рабов от аборигенов, чтобы эти две группы не могли объединиться против испанских властей или креолов (детей европейцев, рожденных в колониях). И всё же, рабы часто восставали против негуманных условий жизни, многие убегали в горы, чтобы основать там palenques (города), где они могли бы жить согласно своим африканским обычаям. Эти palenques отделяли себя от колониального общества и таким образом оказались среди первых городов в Латинской Америке, ставшими свободными от испанской власти. В XVIII веке движение palenques стало укрепляться. К концу 1700-ых высокая цена на рабов наряду с растущими антирабскими настроениями в колониях, заставила многих рассматривать систему как анахроническую. Но, тем не менее, рабство на территории Колумбии просуществовало до получения полной независимости от Испании (1819г) – и было отменено только 1849 году.