1806 году добровольцы из провинции Парагвай, являвшейся тогда, как и большая часть Латинской Америки, испанским владением, приняли участие в защите Буэнос-Айреса — столицы вице-королевства Рио-де-Ла-Плата, в состав которого входил и Парагвай, — от нападения англичан. Знамена парагвайцев были бело-сине-красные. В 1810 году парагвайцы отразили попытки освободившегося к тому времени от испанского владычества Буэнос-Айреса подчинить их себе, а на следующий год сами восстали против испанского господства, Эмблемой патриотов стала так называемая «майская звезда», в память о звезде, сиявшей в небе над столицей Парагвая Асунсьоном в момент освободительного переворота — в ночь с 14 на 15 мая 1811 года. Она и была помещена в крыже синего флага сторонников независимости. Сначала звезда имела то пять, то шесть концов и была, как правило, белого цвета.

В 1812 году, когда Парагвай добился фактической независимости, его флаг стал состоять из красной, белой и синей горизонтальных полос с изображением королевского герба Испании с одной стороны и городского герба Асунсьона — с другой. С 1813 года, когда были окончательно прерваны связи с Испанией и провозглашена республика, флаг стал изображаться без гербов.
Выбор для флага этих цветов объяснялся не только памятью о боях 1806 года, когда парагвайцы впервые выступили под собственными символами, но и влиянием идей Великой французской революции, приверженцами которой были многие руководители освободительного движения, в том числе первый и многолетний президент Парагвая Хосе Гаспар Франсиа. Считается, что красный цвет символизирует равенство, справедливость, патриотизм, героизм и храбрость, белый — единство, непорочность идеалов, чистоту, стойкость и мир, синий — свободу, любовь, кротость, проницательность и реализм.

В середине XIX века, когда Парагвай непрерывно потрясали перевороты и неудачные войны с соседями, в стране, согласно некоторым источникам, появлялись и другие флаги — сначала из синей и желтой, а потом из двух белых и двух синих горизонтальных полос, но время их существования было непродолжительным, а официальный статус — неясен.

С 1812 года употреблялись и различные варианты государственного герба Парагвая, центральным элементом которого была пяти-или шестиконечная звезда, чаще всего на фоне синего щита. Современный государственный герб официально принят в 1842 году. Изображенная на нем сияющая «майская звезда» обозначает свободу и независимость страны. Звезду окружают связанные лентой национальных цветов ветви пальмы и лавра (первоначально - пальмы и дуба), символизирующие соответственно славу и мир. Кайма, окружающая герб, также национальных цветов. Круговая надпись на испанском языке означает «Республика Парагвай».

С 1842 года на лицевой стороне флата стали помещать герб, а на оборотной — печать министерства финансов. Изображенный на печати лев охраняет шест, увенчанный фригийским колпаком, что символизирует готовность к защите свободы и независимости. Испанская надпись на эмблеме означает «Мир и справедливость». Надпись и кайма вокруг печати такие же, как и на гербе. В настоящее время Парагвай — единственная в мире страна, которая имеет государственный флаг с различными изображениями на обеих сторонах.