В 1549 Новая Гранада получила статус аудьенсии в подчинении у вице-короля Перу (королевская аудьенсия - специальный судебно-административный коллегиальный орган, обладавший как законодательными, так и исполнительными функциями). Позднее в рамках того же вице-королевства было создано генерал-капитанство со столицей в Боготе. В 1718 Новая Гранада стала вице-королевством (этот статус был ликвидирован в 1723, восстановлен в 1740). В состав нового вице-королевства вошли также нынешние Эквадор, Венесуэла и Панама. Многие характерные особенности политической структуры Колумбии сформировались еще в колониальную эпоху. В политическом отношении ее отличала слабость центральной власти, которая оказывала лишь незначительное влияние на жизнь таких районов, как Антьокия, Каука, Панамский перешеек и побережье. Наибольшую ценность для экспорта представляло золото, однако основой колониальной экономики служили крупные хозяйства - асьенды и натуральное крестьянское хозяйство. Большинство населения составляли сельские жители; к концу колониального периода доля горожан достигла лишь 5%. Коренное население, изначально относительно немногочисленное, резко сократилось в процессе колонизации, и в населении Новой Гранады стали преобладать европейские переселенцы, частично смешавшиеся с индейцами; меньшую роль играли африканцы, завезенные в качестве рабов для работы на рудниках. В результате смешения сложилась метисская культура при доминировании испанского элемента. Главенство в духовной жизни быстро захватила церковь, однако в дела светской власти она вмешивалась редко. Ее богатства были чрезвычайно велики; в этом отношении церковь Колумбии можно сравнить с церковью Кубы и Чили (хотя она значительно уступала Мексике). Разобщенность колониального общества и существование в нем многих групп с различными интересами приводили к конфликтам. Испанские завоеватели и их потомки разделили между собой лучшие пахотные земли и пастбища. Они создали огромные поместья и, используя в качестве рабочей силы закабаленных индейцев и метисов и вывезенных из Африки рабов, вели натуральное хозяйство и разводили скот. Однако для многих испанцев, если не для большинства, сельское хозяйство было второстепенным занятием. Главный интерес для них представляли горные разработки и добыча соли, изумрудов, драгоценных металлов, в том числе добыча россыпного золота из отложений рек и ручьев. Образование, как это было принято в колониях, находилось в ведении церкви. В столице было открыто четыре колледжа для детей знати, а для остальных существовали церковно-приходские школы, обычно испытывавшие недостаток средств. Грамотными в то время было не более 5% детей и взрослых. Развитию путей сообщения препятствовал расчлененный горный рельеф. Большинство дорог представляли собой тропы, практически не проходимые для колесных экипажей. Даже в конце колониального периода путешествия по суше были настолько трудны, что из Пасто в Картахену проще (и быстрее) было добираться морем. Методы обработки земли оставались примитивными, и практически не предпринималось попыток улучшить породы скота. Однако Новая Гранада славилась своими драгоценными металлами и камнями, а также утонченной культурой высших слоев общества.