В колониальный период главной целью образовательных учреждений было распространение испанского языка и католической веры. Образование находилось в руках семьи и церкви, государство же к нему отношения не имело. В 16 в. различные религиозные ордена создавали начальные школы. В 17 в. иезуиты основали средние школы – колледжи, такие как колледж (сегодня университет) Сан-Бартоломе в 1605 г. (см. фото).

Важным событием колониального периода было создание в 1783 г. Ботанической экспедиции с целью изучения растительности, а также для астрономических и географических наблюдений; в течение 20 лет во главе экспедиции стоял Хосе Селестино Мутис (1732–1808). Деятельность этой первой научной организации охватывала живопись, медицину, космографию, математику, горное дело, земледелие, строительство и другие отрасли знания и произвела подлинную революцию в научной мысли колонии Новая Гранада.

После того как в 1819 г. Колумбия обрела независимость, либералы и консерваторы начали спорить о том, каким должно быть образование в стране; одни отстаивали светское образование для всех, а другие выступали в поддержку образования для элиты под руководством церкви. Этот раскол сказывался на системе образования в Колумбии на протяжении всей ее истории. Конституция 1886 и конкордат 1887 признали за церковью господствующее положение в системе образования и одновременно закрепили существовавший разрыв между городскими и сельскими школами. Принятый в 1903 г. закон о государственном образовании заложил основы системы народного образования в Колумбии. В соответствии с этим законом, образование не должно быть бесплатным, но и не должно быть обязательным. Финансирования государственных школ не предусматривалось, поэтому образование своим детям могли дать только богатые люди. В 1930, когда Либеральная партия заняла руководящие позиции в правительстве, были предприняты попытки сделать образование более доступным, устранить дискриминацию и улучшить положение учителей. С 1940 по 1970 количество учащихся резко выросло, хотя далеко не все дети посещали школу.

В начале 1970-х годов во многих латиноамериканских странах была проведена реформа системы народного образования. Образование стало бесплатным и обязательным для всех детей в возрасте от 7 до 11 лет включительно. По данным колумбийского правительства, ок. 80% населения страны грамотно. В стране существует ок. 40 университетов, включая крупнейший в стране Национальный университет Колумбии в Боготе (осн. в 1867 г.), Антьокийский университет в г.Медельин (осн. в 1822 г.) и католический Хаверианский папский университет (осн. в 1622 г.).