Перед вторжением испанцев на территории нынешней Колумбии проживало ок. 2 млн. человек. Большинство коренного населения составляли индейские племена, принадлежавшие к различным языковым группам (карибской, аравакской и чибча-муисков). Среди индейцев чибча, преобладавших на территории современной Колумбии, различают две культурные традиции - тайрона и муиски. Носители культуры тайрона жили на склонах массива Сьерра-Невада-де-Санта-Марта, вблизи карибского побережья, где у них было несколько крупных поселений с каменными сооружениями. Более многочисленными (предположительно ок. 600 тыс. человек) были оседлые племена муисков, создавших развитое общество со сложной структурой. Муиски населяли высокогорное плато Кундинамарка, примерно в 600 км к югу от Санта-Марты. Это была самая развитая цивилизация на всем пространстве между государствами майя в Центральной Америке и инков на территории Перу. Занимая относительно небольшую территорию (ок. 15,5 тыс. кв. км), они были трудолюбивыми земледельцами и искусными ремесленниками, создававшими ювелирные изделия из золота и сплава золота с медью; они также вели оживленную торговлю с другими народами, используя в качестве меновой единицы золотые пластинки. В религии чибча центральное место занимало солнце как источник плодородия. В одном из обрядов, совершавшихся на священном озере Гуатавита, происходило омовение в озере вождя, предварительно осыпанного золотым порошком (именно этот обряд породил слухи о богатой золотом стране Эльдорадо). Как и другие индейские племена, чибча-муиски приносили жертвы Богу-Солнцу (в отличие от ацтеков, в жертву приносились животные). Проникновение испанцев в Южную Америку началось с карибского побережья, где появились первые испанские колонии. Первая попытка колонизации потерпела неудачу, и поселение Сан-Себастьян-де-Урабу в 1510 было уничтожено индейскими племенами, обитавшими на побережье. Погибла и вторая колония, основанная на Панамском перешейке. Третья попытка оказалась успешной - в 1525 была основана Санта-Марта, первый испанский город на земле современной Колумбии. Через 8 лет Педро Эредия основал Картахену. От этих поселений конкистадоры проложили путь вверх по р.Магдалена к плоскогорьям центральных Анд. Область льянос к востоку от Анд так и не была заселена в течение колониального периода, а на тихоокеанском побережье все сообщение происходило через один порт - Буэнавентура. К старейшим городам относятся также Богота на плато Кундинамарка, Кали в долине р.Каука, Медельин в горах вблизи той же долины и Росарио-де-Кукута, вблизи венесуэльской границы. Самыми южными городами, основанными в колониальный период, были Пасто и Попаян. Активное проникновение во внутренние районы началось после того, как испанцы, обосновавшиеся на карибской побережье нынешней Колумбии, узнали о богатстве ацтеков и инков; эти новости подогревались слухами о несметных богатствах Эльдорадо. Хотя дикие племена побережья не давали надежд на легкую поживу, испанский губернатор верил, что где-то в глубине этих земель обитают народы, столь же богатые, как ацтеки или инки, и отправил для разведки и завоевания военную экспедицию во главе с Гонсало Хименесом де Кесадой. В апреле 1536 отряд численностью 800 человек покинул Санта-Марту, направляясь во внутренние области. Почти 9 месяцев отряд Кесады с большими трудностями добирался до земель чибча-муисков, встречая на пути густые леса, крутые и опасные склоны гор и враждебные племена; более 600 человек пали в стычках с индейцами или умерли от болезней. Однако когда отряд из 160 уцелевших конкистадоров достиг в 1537 плодородного плато Кундинамарка, худшее для испанцев было позади. Покорить чибча не составило особого труда. Ослабленные войной между двумя соперничавшими племенами и распрями с западными соседями, к тому же принявшие испанцев за богов, они смогли оказать лишь слабое сопротивление. 6 августа 1538 Кесада основал испанский город Санта-Фе-де-Богота, ставший столицей Новой Гранады, как он окрестил завоеванную территорию. В завоевании других районов страны участвовали также Себастьян Белалькасар, отряд которого вышел на север с территории Эквадора и покорил индейцев, населявших плодородную долину р.Каука. Белалькасар основал города Попаян и Кали в 1536. Уже после основания Санта-Фе-де-Боготы сюда прибыл из немецкой торговой колонии в Венесуэле Николаус Федерман, встретившийся здесь с Кесадой и, позднее, с Белалькасаром. Однако в отличие от ситуации в Перу, где соперничество между завоевателями вылилось в вооруженные столкновения, Кесада, Белалькасар и Федерманн втроем отправились в Испанию и обратились к испанскому королю с просьбой разрешить их споры; последний после длительного разбирательства передал долину р.Каука под управление Белалькасара, а Кесаду назначил генерал-губернатором Новой Гранады. Завоевание более примитивных племен области льянос и приамазонской сельвы оказалось трудной задачей и продолжалось в течение всего колониального периода владычества Испании.